反渗透设备中最常见的问题是脱盐率的下降和产品水量的降低，如果二者或其中之一缓慢地降低，则可能是污垢或水垢产生的常见现象，可以通过适当的清洗来解决问题；而突然或快速的性能下降，则表明处理系统出了问题或操作失当。发生了问题，需要尽早解决，延误时机会导致反渗透膜无法恢复原有的性能。
及时发现问题的先决条件是保存相应的记录。当发现系统脱盐率和产水量下降时，首先应该校正仪表，以避免因仪表原因而误判。这些仪表包括电导率表、流量表、压力表、温度表等。其次，要对记录的运行数据进行“标准化”。因温度、进水TDS、回收率、使用年限和水通量等发生变化，都会引起脱盐率和产水量的变化。通过计算得到标准化的产水量和脱盐率，然后与初始的运行数据进行比较，确认系统有无故障。
反渗透装置在长期运行中，膜表面会逐渐积累各种污染物，如胶体、微生物、无机物垢、金属氧化物等。这些物质沉积在膜表面上，会引起反渗透装置性能的下降。为了恢复膜的性能，需对膜进行化学清洗和消毒。
