1、操作不当引起反渗透膜的损害，这个是经常出现的问题，也是最不好解决的问题，建议用户都要经过系统的培训，才能操作设备。最常见的问题就是关机时的方法不对，在关闭设备之前没有进行彻底冲洗，因为膜的一侧无机盐的浓度要高于原水，很容易结垢而损害膜元件，如果长期不管，会导致水处理效率降低，产水量下降。另外在进行预处理冲洗的时候，如果清洗不干净也会导致膜元件的污染。
2、因反渗透设备中有大量的残留气体在高压下运行，形成气锤会损害膜元件。设备排空后,重新运行时,气体没有排尽就快速升压运行。应在2～4bar的压力下将余下的空气排尽后,再逐步升压运行。
3、当预处理供水不足时,如微滤发生堵塞,预处理系统与高压泵之间的接头密封不好或漏水(尤其是微滤器及其后的管道漏水)，在密封不好的地方由于真空会吸进部分空气。应清洗或更换微滤器,保证管道不漏水。总之,应在流量计中没有气泡的情况下逐步升压运行,运行中发现气泡应逐渐降压检查原因。
4、反渗透设备设有加药系统，有时候会出现个别情况就是加药箱不运作，或者是药剂没了，这样膜元件有可能会被堵塞及结垢，对膜元件造成污染。影响膜元件的使用时间。
