结垢造成RO膜性能的损失不如悬浮物或微生物污染那样常见。这主要是由于对结垢的形成相对容易控制，或者采用适当预处理即可消除。一旦发生结垢，应视膜种类、垢的类型及其数量，采取必要的措施。
如形成CaCO3垢时，许多系统均可通过增加系统酸量简单清洗掉，或使酸溶液循环。对复合膜，可依靠加阻垢剂，防止硫酸钙的形成；对CA膜，利用阻垢剂防止硫酸钙形成时，加入量一定要足够，因为一旦发生CaCO3结垢，结垢区域的高pH值会加快CA膜的水解，通常Ca膜在CaCO3结垢数天后，即会发现脱盐率下降。各种阻垢剂比较如下：
1、常见的阻垢剂：许多常用的阻垢剂由含羧酸基或磷酸根基团的分子组成。低分子重量的聚丙烯酸酯分子含有多个羧酸基团，它们能极好阻止碳酸盐垢的形成，但作为分散剂作用上有一定局限。
2、六偏磷酸钠：它是低成本的阻垢剂。缺点是不稳定，混合困难。实际上，如果它每三天不再混合一次，则六偏磷酸盐会水解成磷酸盐，在pH中性或碱性状态下，会与钙离子形成磷酸钙沉淀，该传统阻垢剂已日益被其它阻垢剂代替。
3、有机磷酸盐：是在六偏磷酸钠基础上的改进，它更稳定，类似六偏磷酸钠，具有阻垢和分散剂的作用，但又与六偏磷酸钠不同，其官能基团互相吸引。
4、高分子量的聚丙烯酸酯：是最好的分散剂，不过，其阻垢性能方面不如低分子重量的丙烯酸酯。
5、混合阻垢剂：比单一化学阻垢剂具有的优点是：使用单一化学阻垢剂时，如果加入量太大，就可能导致阻垢剂与水中多价阳离子形成结垢析出；而对于混合阻垢剂，一种阻垢剂会阻止另一种阻垢剂的沉积，同时每种阻垢剂的单独成分浓度也小些。
低分子量和高分子重量的聚丙烯酸酯的混合阻垢剂，既有良好的阻垢性能，也有较好的分散剂的性能；低分子重量的丙烯酸酯和有机磷酸盐的混合阻垢剂，也具有良好的阻垢和分散剂的特性。
